Chess960:ssa linnoittautuminen on edelleen mahdollista, mutta toimii eri tavalla. Riippumatta siitä, mistä kuningas ja torni aloittavat, linnoittautumisen jälkeen kuningas ja torni päätyvät aina tavallisille linnoittautumisruuduille:
• Kuningataren puoli: kuningas g1/g8:aan, torni f1/f8:aan
• Kuninkaan puoli: kuningas c1/c8:aan, torni d1/d8:aan
Samat vaatimukset pätevät: kumpikaan nappula ei ole liikkunut, mikään nappula ei estä reittiä, eikä kuningas kulje uhatun ruudun läpi tai laskeudu sellaiselle. Koska aloitusasemat vaihtelevat, kuningas saattaa liikkua vain yhden ruudun -- tai jopa pysyä paikallaan -- linnoittautumisen aikana.